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La nuit, algues et animaux respirent, produisant du gaz carbonique (CO²). Le jour, la photosynthèse supplante la respiration et l'aquarium récifal est globalement un producteur d'oxygène et un consommateur de CO². La mesure de la concentration des gaz dissous , tel O² et CO², est d'un intérêt minime en eau de mer pour l'aquariophile. En revanche, les variations de la concentration en gaz carbonique font varier le pH. Dans un bac récifal, il est tout à fait normal d'observer une variation de 7,8 le matin à 8,4 de pH le soir.
Un aquarium de poissons marins affiche un pH plus stable, autour de 8,2 de pH. Pour mesurer le pH, l'aquariophile dispose de tests colorimétriques et de pH-mètres électroniques. Les premiers peuvent être utilisés chaque semaine pour un bac de poissons seuls. l'acquisition d'un pH-mètre électronique à sonde séparée est un plus indéniable pour un bac récifal, il permet de vérifier quotidiennement la valeur maximale et minimale du pH. Le pH est un indicateur précieux pour l'aquarium marin mais il ne sert à rien de chercher à combattre ses variations par le pH lui même. Sa stabilité dépend du pouvoir tampon de l'eau de mer, que l'on évalue en mesurant le KH. En eau de mer, la mesure du KH est au moins aussi importante que celle du pH. Elle devrait peu varier dans un aquarium de poissons seuls si on y pratique des changements d'eau de 20% toute les 3 semaines.
Dans un aquarium récifal, il est nécessaire d'entretenir le pouvoir tampon de l'eau de mer avec un réacteur à calcium ou un réacteur à calcaire. Le premier fabrique et distribue automatiquement de l'eau de chaux. Le second dissous un substrat calcaire en circuit semi-fermé. Mesurer régulièrement le KH de l'eau de mer constitue un acte de sécurité. Les valeurs raisonnables sont comprises entre 7 et 11. La mesure peut être malheureusement différente quand on passe d'une marque de test à une l'autre. Si l'eau affiche une valeur de kh correcte et que le pH a malgré tout tendance à augmenter dangereusement, il peut être utile de mesurer la concentration en magnésium (Mg). Chaque litre d'eau de mer contient environ 1,35g de magnésium pour une densité de 1023 ou une salinité de 35 pour 1000. Cet ion, et le calcium dans une moindre mesure, forment avec d'autres des paires qui influencent considérablement le pouvoir tampon de l'eau de mer. La précipitation de boues magnésiennes et la croissance des algues calcaires font baisser la concentration en magnésium. Quand celui-ci vient à manquer, l'équilibre entre les bicarbonates et les carbonates est modifié de sorte que le pH augmente. On peut également la déduire de la dureté totale et de la concentration en calcium